El nombre de Duitama es de origen Chibcha, corresponde a un caserío de indios habitado por pobladores de origen Muisca gobernado por el Cacique Tundama, vocablo que cambio por Duitama, señor absoluto y poderoso que tenía por jefes tributarios a los Caciques Onzaga, Soatá, Chitagoto, Susacón o Cabita, Icabuco, Lupachoque, Sátiva, Tutazá y Cerinza. Los naturales vivían en bohíos, buscando las alturas del llano de los Indios, Tigua hoy cerros de La Milagrosa, Cargua, La Tolosa, San José (La Alacranera) y Tocogua.

En la conquista se produjo una inmensa disminución de los pobladores por muerte en combates y por huida de otros, luego de haber sido sometidos a tratamientos humillantes. El abandono de las fértiles tierras por parte de los indígenas, atrajo la ocupación inmediata de los conquistadores, quienes iniciaron un ordenamiento urbanístico acorde a las reglamentaciones expedidas por la corona española.

Los primeros misioneros educadores que llegaron a Duitama fueron los de la orden de Santo Domingo (1.556), ellos consagraron el lugar como centro doctrinal hasta 1.775, cuando ésta fue erigida como Parroquia, Constituida como Municipio el 27 de Julio de 1.819 mediante decreto del Libertador Simón Bolívar.

En la primera mitad del siglo XX, Duitama se fortalece como una región eminentemente agrícola y se consolidan empresas molineras como Molino Tundama (hacia 1.920) y posteriormente lo hacen los Molinos del Sol y el Cóndor, e igualmente la Fabrica Bavaría.

Estos hechos, al lado de la llegada del ferrocarril en 1.923 y la terminación de la carretera a Bogotá, marcaron un punto importante en el desarrollo de la economía local.

A partir de 1.950 la actividad puramente agrícola se ve modificada por la ocupación industrial sobre la región, fabricas e industrias como Paz del Río, Coca-Cola, Postobon-lux, Cementos Boyacá, Metalúrgica, Sofasa, Termopaipa, Maguncia, y otras, generaron empleos y desplazamiento de los pobladores rurales al casco urbano de la ciudad.

Igualmente se destaca la creación de la Ciudadela Industrial (Cooperativa Industrial de Boyacá CIDEB Ltda.) calificada como Parque Industrial por el Ministerio de Desarrollo Económico, y la importancia del gremio de Transporte, que a partir de la década de los 80 cobro una inusitada importancia en la economía de nuestro municipio.